El 27 de septiembre de 2009, la Confederación de Nacionalidades Indígenas de Ecuador (Conaie) protagonizó un levantamiento indígena nacional contra la Ley de Minería, aprobada por el gobierno, y la Ley de Aguas preparada por el Ejecutivo que estaba en manos de los asambleístas. El Gobierno reiteró que no aceptará la violencia y protegió los pozos petroleros con militares, por temor a que fuesen tomados por los manifestantes.

El 30 septiembre 2009 murió Bosco Wisuma, un profesor indígena bilingüe, en un hecho confuso. Sucedió en el puente sobre el Río Upano donde estuvieron 16 manifestantes shuar. Según un informe de la Comisión de Derechos Colectivos de la Asamblea, 38 policías resultaron heridos a causa de disparos de perdigones y 20 integrantes del pueblo shuar fueron detenidos durante ese día.

El perito  Roberto Carlos Meza investigó la muerte y presentó un informe a un año del hecho. Fue a pedido de la Fiscalía de Morona Santiago, previa solicitud de la Comisión de la Verdad. Dijo que el deceso se produjo por un perdigón, sin embargo, la Policía desmintió que haya usado ese tipo de municiones. En el informe aseguró que ese tipo de proyectil hirió a 27 uniformados.

El 8 septiembre del 2010, el Gobierno señaló como responsable del crimen al presidente de la Federación de Indígenas Shuar del Ecuador (FISCH) y director de radio Arutam, José Acacho, porque con sus transmisiones radiales sobre la protesta habría promovido los actos violentos y las manifestaciones indígenas que provocaron la muerte del profesor. Acacho fue procesado por terrorismo y sabotaje organizado.

El 1 febrero de 2011, la Policía detuvo a Pepe Acacho, al igual que al presidente de la Asociación de Juntas Parroquiales de Morona Santiago, Pedro Mashian, y al principal acusado de homicidio del profesor Wisuma, Fidel Kaniras. Pero siete días después recuperaron su libertad. La jueza de la segunda sala de la Corte Provincial de Justicia de Pichincha, María Cristina Narváez, les concedió el recurso de Hábeas Corpus por considerar que la prisión preventiva de los implicados fue ilegal.

El 17 de febrero de 2013, Pepe Acacho, fue electo asambleísta por Morona Santiago y el 19 de julio de 2013, la Corte de Justicia de Morona Santiago lo declaró culpable de sabotaje y terrorismo organizado. Junto con él fue sentenciado Pedro Mashiant. El 12 de agosto de 2013, la misma Corte les notificó por escrito la sentencia a 12 años de prisión. La sentencia fue apelada.  La Corte Nacional de Justicia el 15 de enero de 2018 rechazó los recursos de casación y lo sentenció junto con Pedro Mashiant. Pero redujo la pena de 12 años a ocho meses de prisión, ya que el tribunal cambió la figura del delito de terrorismo a obstrucción de tráfico durante las protestas de septiembre de 2009.

El dirigente fue detenido el 17 de septiembre de 2018. Pero el 3 de octubre, el presidente Lenín Moreno lo indultó.

El gobierno de Correa comenzó a explotar las minas del sur de la Amazonía ecuatoriana donde residen las comunidades indígenas shuar y saraguros, quienes se oponen a la explotación minera a gran escala, por considerar afecta a sus fuentes de agua y que las empresas mineras se apoderan de sus tierras ancestrales. El gobierno no escuchó sus argumentos optó por reprimir la protesta con las Fuerzas Armadas y Policía en un despliegue impresionante y con el uso de armas menos letales y letales, así como medios empleados en guerra.

Desde fines del 2013 comenzaron a aparecer asesinatos bajo las sombras de integrantes de las comunidades shuar y saraguros con evidencias de tortura. Sumaron cuatro en un año. Pero el Gobierno por todos los medios trató de silenciar estos casos visibilizados por los dirigentes de las comunidades y estableciendo que eran producto de rivalidades internas.

El ocaso de Radio Arutam

Las movilizaciones se presentaron en todas las provincias del país, sin embargo la mayor presión se produjo en Morona Santiago, en donde la nacionalidad shuar, a través de la Radio “La Voz de Arutam”, se auto convocó para manifestar en contra de dicha ley. El 30 de septiembre de 2009, las Fuerzas Armadas y la Policía reprimieron a los indígenas movilizados.

Dentro de las acciones de persecución que siguieron a estos hechos, el Consejo Nacional de Telecomunicaciones (CONATEL) inició un proceso administrativo en contra de la Radio “La Voz de Arutam”, acusándola de haber promovido el caos social que implicó la muerte Bosco Wisuma, y el 22 de diciembre de 2010 emitió una resolución por la cual se daba por terminado la concesión de la frecuencia de la única radio comunitaria que cubría casi la totalidad del territorio shuar y achuar en la Amazonia ecuatoriana.