Cuando fue detenido era el presidente de la Federación Interprovincial de Centros Shuar (FICSH) a la que pertenecen 120.000 miembros repartidos en varias provincias de la Amazonía. El 21 de diciembre de 2016, unos 100 uniformados, entre policías y militares, entraron en horas de la madrugada en la sede de la FICSH, ubicada en Puyo (Pastaza), y lo detuvieron sin informarle las razones de su retención y sin orden de captura. Él denunció que fue objeto de humillaciones, en tanto fue lanzado al suelo, lo pisotearon y se burlaron de él mientras se realizaba el operativo.

El mismo día de su detención, la jueza Yolanda Ottati Cordero ordenó trasladarlo a la cárcel de máxima seguridad de Latacunga en Cotopaxi, ubicada a más de 500 km de su residencia, donde compartió celda con otras personas detenidas por la Policía y el Ejército durante el Estado de Excepción decretado en la región de Morona Santiago desde el 14 de diciembre de 2016.

El supuesto delito imputado por la Fiscalía de Morona Santiago fue el de “instigar a la discordia”, tipificado en el art. 348 del Código Orgánico Integral Penal (COIP), después de una denuncia puesta por Diego Fuentes, ex Ministro del Interior, en la que se señalaría que el dirigente shuar buscó incitar a agredir a la fuerza pública a través de un mensaje publicado en la red social Facebook.

Esta detención tiene lugar en el marco del conflicto territorial originado en la imposición de los proyectos extractivos Mirador y San Carlos Panantza, concesionados a las compañías chinas y filiales Explorcobres S.A. (EXSA) y Ecuacorriente S.A. (ECSA) respectivamente, en las poblaciones de Tundayme y Nankints, sobre territorios ancestrales de las comunidades shuar que dio como resultado numerosos desalojos de familias shuar y la militarización de la zona.

Por ejemplo, el 11 de agosto de 2016 y en razón de una orden judicial a favor de la empresa permitió el despojo de 80 hectáreas, ocho familias de la comunidad de Nankints fueron desalojadas del cantón de San Juan Bosco, en la región de Morona Santiago. El operativo militar para esa acción involucró la presencia de 2.000 uniformados. Según las informaciones, las familias no fueron prevenidas de la decisión y les dieron 5 minutos para tomar sus cosas y marcharse de sus tierras, mientras observaban cómo sus casas y cultivos eran destruidos.

El 6 de enero de 2017, a cuatro meses de detención preventiva, a Wachapá le fue negado un recurso de Habeas Corpus. El 26 de enero de 2017, la radio Arutam, que se transmite desde Macas (Morona Santiago) y es controlada por la FICSH, emitió un mensaje de su expresidente, grabado en la prisión de Latacunga: “Hoy más que nunca quiero recalcar y denunciar ante diferentes instancias nacionales e internacionales la violación de los derechos consagrados en la Constitución. Mientras el pueblo defiende los recursos naturales de nuestro suelo, cuando los intereses de los gobiernos de turno han sido saquear la riqueza del pueblo ecuatoriano. El pulmón de la Amazonía existe, y nuestra Amazonía no debe ser vendida, debe ser defendida”. Al siguiente día, la Policía allanó las oficinas de la Radio Arutam y la emisora salió del aire.

El 19 de abril de 2017 la Corte de Gualaquiza autorizó las medidas cautelares a favor de Wachapá y el 25 de abril de ese año, luego de varios recursos legales presentados por su defensa, salió en libertad tras pagar una fianza de 6.000 dólares que dictaminó un juzgado de Gualaquiza, en la provincia de Morona Santiago. Se le prohibió salir del país y debía presentarse ante una autoridad judicial en forma periódica. El monto de la fianza fue conseguido por medio de una colecta pública. El 15 de junio de 2018, el Tribunal de Garantías Penal de Morona Santiago ratificó la inocencia de Wachapá.