La Comuna Engabao está en disputa por sus tierras ancestrales con las empresas Vimare y Campibo que pertenecen o están vinculadas a los empresarios Álvaro Noboa y Fabricio Correa, respectivamente. Según los comuneros, empleados de esas compañías invadieron sus tierras, haciendo uso de armas de grueso calibre para acosar e intimidar a la población. También denunciaron que las empresas han destruido el bosque seco tropical y las especies nativas. Sus líderes y dirigentes han sido encarcelados.

En una página web creada por los habitantes de Engabao, ellos explican que descienden de los Huancavilcas, una cultura precolombina que habitó principalmente en lo que hoy es la provincia de Guayas. Aseguran que tienen los mismos apellidos de ese pueblo ancestral, tales como Tomalá, Lindao, Vera, Suárez. Cuentan que su arquitectura vernácula (casas similares a las de la península, algunas con madera de guasango) demuestra esta antigüedad. Fue reconocida como comuna campesina por el Estado en 1984. En 1995, el Ministerio de Agricultura otorgó la propiedad colectiva sobre sus territorios que alcanzan las 7.427 hectáreas en Playas, Guayas.

Desde 1983, la compañía Viviendas Masivas Ecuatorianas (Vimare) de Noboa reclama 397 hectáreas en la zona que él identifica como Merceditas 1 y 2. En 1997, Vilmare presentó dos demandas de reivindicación de dominios para reclamar por esos dos predios; las dos demandas les fueron rechazadas, la última fue en agosto de 2013 y fue liderada por Anabella Azín, esposa de Noboa.

En enero de 2014 se produjo la primera disputa de los terrenos. Según los comuneros, empleados de la empresa Vilmare invadieron las tierras. El Ministerio de Agricultura confirmó la propiedad de esos territorio a la Comuna, pero la Alcaldesa de Playas apoyó a la empresa.

En noviembre de 2016 hubo una sentencia de la Sala Especializada de lo Penal de la Corte de Justicia de Guayas, que reconoció los derechos ancestrales de la comuna Engabao sobre 7.427 hectáreas y ordenó al registrador de la propiedad a cancelar todos los títulos de propiedad privada en esos predios.

En noviembre de 2017, Álvaro Noboa dijo que sus terrenos fueron invadidos. Varios empleados de Vimare, entre estos la abogada de Noboa, Sylka Sánchez, fueron retenidos por la Policía, tras una incursión de los comuneros del sector, reportó la prensa local. Para Noboa, el conflicto tiene un tinte político por haber pedido la renuncia del entonces presidente Rafael Correa. En un video, dijo que Xavier Valverde, abogado de la comuna, Fernando Alvarado, exsecretario de Comunicación de Correa, y Alberto March, procesado por lavado de activos en exportación de oro, supuestamente invadieron las tierras de Merceditas I y construyeron casas. “A donde llegaban a ser metido preso el uno y ser sacado del gobierno el otro”.

En medio de esta disputa, la compañía Campibo, propiedad de Fabricio Correa, hermano del expresidente, también presentó escrituras sobre los predios que también fueron declaradas ilegales por las autoridades. Campibo reclamaba por 336 hectáreas.

En los primeros meses de 2018, el conflicto se intensificó. Hubo gases lacrimógenos, carpas de vigilancia. En abril de ese año, 300 comuneros se dirigieron hasta los predios que reclama Vilmare y derrumbaron columnas de concreto que se construían en el lugar. El 16 de mayo, las escrituras inscritas fueron anuladas por el Registrador de la Propiedad del cantón Playas. Noboa en un nuevo video reafirmó su propiedad sobre esos terrenos y garantizó que respetará las viviendas de los comuneros. La disputa continúa.