Fue el 17 de noviembre de 2015, el día en que se lo vio vivo por última vez y estaba en custodia de la Policía Nacional de la ciudad de Ibarra. Y 13 días después, el 30 de noviembre se lo encontró muerto, en las inmediaciones de la laguna Yaguarcocha, en estado enfisematoso de putrefacción, es decir, que había pasado de 3 a 5 días desde su muerte. La desaparición y muerte del colombiano, de 33 años de edad, podría representarse como un caso icónico de desaparición forzada y ejecución extrajudicial en el país, incluyendo, además, el delito de manipulación y alteración de evidencias luego de su muerte, según la Fundación Regional de Asesoría en Derechos Humanos (Inredh).

El día anterior a su desaparición, tanto él como su pareja Angie Pinto acudieron a una fiesta y Francisco decidió quedarse hasta más tarde. Aquí fue la última vez que ella lo vio. Según los vecinos, Francisco llegó a su casa en estado etílico, no entró a su casa ya que la Policía llegó para detenerlo presuntamente por romper el espejo de un auto, se escuchó una riña entre él y uno de los policías por lo que también lo detuvieron por protagonizar un escándalo en la vía pública.

Un vecino escuchó la amenaza por parte del policía de “irle a pegar en Yahuarcocha”, práctica que parece ser repetitiva dentro de las detenciones y los “castigos caseros” de la Policía de esa ciudad. Dos días después, su pareja denunció ante la Fiscalía la desaparición, luego de buscar en hospitales y en la Policía Judicial, acude a pedir información en la Dirección Nacional de Delitos contra la Vida, Desapariciones, Extorsión y Secuestros de Personas (DINASED), sin ningún tipo de respuesta o ayuda efectiva.

Solo luego de hablar con un coronel de la Policía, éste llamó e identificó a los agentes policiales responsables de la detención de Francisco. Los policías involucrados en la detención, José S., Miguel E., Edwin P., Jaime A. y Juan Carlos T., lo llevaron a la Unidad de Flagrancia y aquí, la Fiscal de Ibarra encargada mencionó que no ameritaba la detención de Francisco y, por lo tanto, que se lo podía dejar libre. Fueron los mismos policías, los que preguntaron su dirección de domicilio, lo montaron a su vehículo y supuestamente lo dejaron afuera de la discoteca Aqua. No obstante, la última vez que se lo vio con vida fue dentro del vehículo policial.

Los resultados de la autopsia y el examen médico legal, dados en el Centro de Investigaciones de Ciencias Forenses (CICF), determinaron que el cuerpo tenía 3 hematomas y escoriaciones por fricción. Según el equipo multidisciplinario que analizó el cuerpo, la causa de la muerte fue traumatismo en el cráneo realizado con un objeto contundente.

El 12 de diciembre del 2015, el cuerpo de Francisco fue entregado a sus familiares embalado completamente, sin posibilidad de abrirlo. Cuando la familia quiso ver el cuerpo, el médico legista encargado Ángel N. y el director Leonardo F. se negaron rotundamente, bajo el argumento de que estaba empacado de tal manera que no lo podían abrir al ser un riesgo psicológico y biológico.

Dentro del proceso de investigación el fiscal Jefferson Ibarra, solicitó asistencia a Colombia y dispuso la realización de una exhumación, que tenía como objetivo la realización de un análisis antropológico forense minucioso que ayudará ampliar la diligencia de autopsia realizada en Ecuador.

El 20 de mayo de 2016 en Pasto, Colombia, se realizó una primera exhumación y necropsia al cuerpo de Cajigas, con la cual se descubrió que el cuerpo estaba sin cabeza, por lo que se debió  suspender la diligencia; posteriormente, la cabeza fue localizada en el Centro Forense de la ciudad de Esmeraldas, pero se pidió un nuevo peritaje para confirmar que se trataba de la cabeza de la víctima, el cual determinó que el cráneo había sido lavado con una sustancia que borró las evidencias.

A partir de la pérdida y localización de la cabeza, el 7 de junio de 2017, empezó el proceso legal por el delito de alteración de evidencias y elemento de prueba por el mal manejo de las evidencias en contra de Leónidas F., Ángel N. y Sergio R. Según un pronunciamiento de la Asociación de Desaparecidos del Ecuador (ASFADEC), no se tenía que haber desprendido la cabeza del cuerpo, sin informar a los familiares de este procedimiento y, además, no se deberían utilizar este tipo de sustancias porque borran pruebas del delito cometido, recalcando que la causa de la muerte de Francisco fue un trauma en su cabeza.

El 8 de noviembre de 2018, el Tribunal de Garantías Penales de Esmeraldas presidido por el juez Juan José Chele Villamar ratificó la inocencia de los tres funcionarios públicos procesados por el delito de alteración de evidencia y elementos de prueba en el cráneo de Cajigas, según reportó INREDH, organización que ha seguido de cerca el caso. Hasta el momento no hay procesados por el asesinato de Cajigas ni por la alteración de evidencias.