Pepe Acacho, Pedro Mashiant y Fidel Kaniras encabezaron una movilización en la provincia de Morona Santiago, que inició el 27 de septiembre de 2009. En las protestas hubo confrontaciones que dejaron heridos a varios miembros de la comunidad shuar y a 38 policías. En esos incidentes también perdió la vida el profesor Bosco Wisuma, por los disparos de un tirador no identificado durante la protesta en el puente del Río Upano el 30 de septiembre de 2009. De esos hechos fueron acusados Pepe Acacho, quien era entonces presidente de la Federación Interprovincial de Centros Shuar (FICSH); Pedro Mashiant, presidente de la Junta Parroquial de Sevilla Don Bosco y presidente de la Asociación de Juntas Parroquiales de Morona Santiago; y Fidel Kaniras, miembro del Centro Shuar Sevilla Don Bosco.

Según la Fiscalía, Acacho usó varias estaciones de radio como Arutam (propiedad de la FICSH), Voz del Upano, Voz de la Esmeralda Oriental Canela 103. 7, Bonita y Shalom para incitar a la protesta en contra de la Ley de Aguas promovida por el Gobierno.

Casi un año después, en septiembre de 2010, se denegó la petición de prisión preventiva para Acacho, Mashiant y Kaniras. En lugar de eso, el juez ordenó que los tres hombres se presentaran ante las autoridades cada ocho días. Además, no podían dejar el país, y se decretaba la congelación de sus bienes. Pero pocos meses después, el 28 de enero de 2011, en la audiencia preparatoria, el presidente de la Corte Provincial de Justicia de Morona Santiago ordenó la prisión preventiva de los tres y decretó su procesamiento como autores de los delitos de sabotaje, terrorismo y homicidio. También dispuso el procesamiento de otros cuatro hombres como supuestos encubridores de esos delitos.

Basándose en esta orden, el 1 de febrero de 2011 Acacho, Mashiant y Kaniras fueron detenidos en una operación conjunta de la Policía y el Ejército. La operación, llevada a cabo por agentes que ocultaban su identidad con pasamontañas, fue retransmitida por la televisión. Los tres hombres permanecieron detenidos en Quito durante una semana, hasta que un juez aceptó, el 8 de febrero de 2011, un recurso de Hábeas Corpus.

En abril y mayo de 2010 se elaboraron dos informes periciales forenses sobre el homicidio de Bosco Wisuma. En ellos se estableció que el tirador se encontraba de frente a la víctima, pero no se podía determinar la distancia. Pese a que estas investigaciones no han aportado pruebas concluyentes contra los tres acusados, los cargos permanecieron. La Sala Única de la Corte Provincial de Justicia de Morona Santiago, como Tribunal de Garantías Penales, el 9 de agosto de  2013 declaró la culpabilidad de Acacho y Mashiant por considerarlos coautores del delito de terrorismo organizado, imponiéndoles la pena de 12 años de reclusión mayor extraordinaria a cada uno, y una multa de 4.418 dólares. Por otro lado, ratificó el estado de inocencia de Fidel Kañiras, Santiago Sharup Wachapa, Pedro Narankas Mashiant, Andres Vizuma Shimbiu y Ernesto Washicta Chiriap.

El abogado defensor de Acacho y de Mashiant apeló la decisión el 7 de octubre de 2014 y pidió a la justicia que aplicara al caso el nuevo Código Orgánico Integral Penal (COIP). Sin embargo en octubre de 2014, una corte de apelaciones se negó a evaluar si las acciones de Acacho constituían terrorismo y confirmó la condena. Acacho apeló nuevamente la condena y un tribunal penal de la Corte Nacional de Justicia el 15 de enero de 2018 rechazó los recursos de casación. Lo sentenció junto con Pedro  Mashiant a ocho meses de prisión, ya que el Tribunal cambió la figura del delito de terrorismo a obstrucción de tráfico durante las protestas de septiembre de 2009. Con esa modificación se dejó en estado de indefensión a los procesos.

El 13 de julio de 2018 se emitieron las boletas de captura y Acacho fue detenido el 17 de septiembre de ese año en la terminal terrestre de Macas, en Morona Santiago, para que cumpla la condena. Pero el 3 de octubre de ese mismo año fue indultado por el presidente Lenín Moreno debido a que el líder indígena registró una buena conducta en prisión y pidió disculpas.